1、商業資料是一家公司的核心機密資料，京東和支付寶是兩家競爭公司，若是以支付寶為支付途徑，等同於將自己的商業資料在對手面前曝光。在公司規模不夠大的時候，的確需要第三方支付公司帶來更方便更好用的支付方式，但當公司規模大到一定程度的時候，這樣做會非常不利，公司的模式和銷售狀況被其他公司知道，很容易被其複製導致公司面臨危機。
2、支付寶要收手續費，以千分之五來計算，以京東的年銷售額來算，若以支付寶為支付途徑，其利潤虧損巨大。
3、京東已經收購了網銀線上，網銀線上是和支付寶類似的第三方支付公司，因此在支付上就不需要支付寶。
4、快捷支付是目前主流的支付方式，也是未來的趨勢。京東現在的線上支付也屬於簡訊快捷支付，體驗上和支付寶類似。
