1、時隊和暗隊劇情都是一模一樣的，只不過有些細節不一樣而已，比如不同種類軟糖的出現率，時版限定雪拉比，暗版限定超夢等。
2、兩個版本都只有491種PM空隊相當於是時暗的資料片，新增了492和493，二週目增加了天空之頂劇情，新增了分別以齙牙狸、向日花怪、胖可丁、魅力探險隊和森林蜥蜴為主角的特別劇情。
3、時或者暗和空的關係可以理解為鑽石或者珍珠和白金的關係，時和暗的密碼通用，空隊密碼就和前兩個版本不一樣，三個版本一週目最終BOSS都是暗黑迪亞魯加，二週目最終BOSS為噩夢神，帕魯基亞是二週目的一個BOSS，冥王龍則要通過官方密碼開啟迷宮才能見到。
