1、企業績效評價體系指標，既要滿足國家管理當局巨集觀調控需要，又要有利於債權人對企業的客觀評價，還要有利於企業自我評價與考核。
2、缺乏無形資產和人力資產方面的指標。這主要說明要注重無形資產和人力資產兩個重要的潛力指標。
3、現行指標體系主要運用企業的歷史資料進行靜態分析。運用歷史資料進行靜態分析不能準確反映企業動態經濟狀況，也未能充分關注企業或有事項及期後事項對企業財務狀況的影響程度。
4、採用單純的定量評價方法，缺乏與定性評價方法的綜合運用。定量評價方法都是以企業定期編制的財務會計報表為基礎，對企業的盈利能力、償債能力等做出評價。
5、評價指標都是以歷史為基礎進行縱向對比分析，忽視了橫向比較。我國企業績效評價往往以上年實際或歷史情況作為基數進行對比分析。
