論文腳註當然不是全部都是參考文獻，腳註就是可以附在文章頁面的最底端的，對某些東西加以說明，印在書頁下端的註文。參考文獻是在學術研究過程中，對某一著作或論文的整體的參考或借鑑。徵引過的文獻在註釋中已註明，不再出現於文後參考文獻中。按照字面的意思，參考文獻是文章或著作等寫作過程中參考過的文獻。然而，按照GB/T7714—2005《文後參考文獻著錄規則》的定義，文後參考文獻是指：“為撰寫或編輯論文和著作而引用的有關文獻資訊資源。”根據《中國學術期刊（光碟版）檢索與評價資料規範（試行）》和《中國高等學校社會科學學報編排規範（修訂版）》的要求，很多刊物對參考文獻和註釋作出區分，將註釋規定為“對正文中某一內容作進一步解釋或補充說明的文字”，列於文末並與參考文獻分列或置於當頁尾地。
