納稅人三萬免稅是含稅的。
增值稅起徵點僅適用於財稅〔2016〕36號文的附件1《營業稅改徵增值稅試點實施辦法》第一條規定的個人，包括：個體工商戶和其他個人，但不適用於登記為一般納稅人的個體工商戶。即：增值稅起徵點僅適用於個體工商戶小規模納稅人和其他個人。
增值稅小納稅人和營業稅納稅人，每月銷售額或營業額不超過3萬元(含3萬元以下稅)，按照上述檔案的規定免徵增值稅或營業稅。
增值稅小納稅人經營營業稅應納稅專案的，應當分別核算增值稅應稅專案的銷售情況和營業稅應稅專案的週轉情況，月銷售額不超過3萬元（包括每季度9萬元稅），免收增值稅9萬。所以銷售額3萬是含稅的。
