男主的妹妹叫節子，年齡4歲、清太的妹妹。在神戶大空襲後失去了住家及母親，跟哥哥清太前往遠親家居住。與哥哥搬離到防空洞生活後因營養不良死去。
《螢火蟲之墓》講述了一個衣衫襤褸的少年，氣息奄奄地躺在人來人往的車站，正慢慢走向他那14歲短暫生命的終點，這是在戰敗月餘後的日本。空襲開始了，媽媽在轟炸中不幸離世。在突如其來的打擊面前，哥哥能做的只是將媽媽死去的訊息瞞過年幼的妹妹。在空曠的廣場上，哥哥強笑著賣力地為哭著要找媽媽的妹妹表演單槓，夕陽下兩個瘦小的身影顯得那麼的單薄。也許，就是在那一刻，哥哥試圖將所有的悲傷扛起，決定在紛亂的廢墟上為妹妹擎起一片晴空。兄妹倆只能去投靠親戚。
然而，戰爭讓親情疏遠，物質的貧乏更使人們彼此冷漠。越來越多的白眼和碗中越來越少的米飯暗示著他們必須離開了。哥哥終於決定帶著妹妹搬走，去建造一個屬於自己的家。但是，在唱著歌快樂離開的時候，他豈能料到因那戰爭而不可逆轉的悲慘命運。為了讓妹妹不再餓肚子，哥哥只好趁飛機轟炸之時冒著生命危險去偷。每當在人去樓空的屋子裡找到一些食物，他都會無比的興奮。在漆黑的廢棄山洞中，哥哥將螢火蟲捉進蚊帳，漫天飛舞的螢火蟲在夏季悶熱的深夜裡明明滅滅。哥哥將熟睡中的妹妹緊緊抱住，生怕一鬆手就又會失去。
