原因如下:
1、兩岸市場規模差距極大，且政治體制有別，此協議可能嚴重衝擊，甚至引入帶有政治企圖的中國大陸企業攻佔臺灣服務業，但馬英九政府從協議溝通、談判到簽署，始終未適當公開訊息，納入臺灣民間以及產業界的討論意見，而採“先簽後公佈”的形式。
2、協議可能造成中國大陸管理人員藉此協議合法來臺工作與居留，時間可超過世界貿易組織待遇。合法來臺居留的中國大陸管理人員無需負擔公民義務即可享有各項公共服務與基礎建設，特別是不經六個月等待期即可加保的超國民全民健保，並且他們為移居臺灣所作的投資，於臺灣累積經濟資本、提升服務業技術方面，貢獻不大，卻可能為臺灣帶來巨大的社會成本以及政治、主權方面的衝擊。
