在學術上兩者關係很好，在政治上處於敵對關係。
作為同鄉，蔡元培對魯迅是有著知遇之恩的。魯迅在教育部、北大的任職都得到了蔡元培的幫助。然而魯迅與蔡元培這位前輩同鄉，在思想上卻逐漸變成了“兩股道上跑的車”1926年蔡元培任國民黨中央監察委員後，倡導“潛心研究與冷眼觀察”，這與民主戰士魯迅的吶喊背道而馳。《無花的薔薇》中點名批評這位“孑公”也是二人關係最為僵硬的階段。魯迅在給江紹原的信中說：“其實，我和此公，氣味不相投者也。
魯迅原名周樟壽，1898年改為周樹人，筆名魯迅，字豫山、豫亭，後改名為豫才。20世紀中國重要作家，新文化運動的領導人、左翼文化運動的支持者，是現代文學家、思想家、革命家。
蔡元培字鶴卿，又字仲申、民友、孑民，乳名阿培，並曾化名蔡振、周子餘，漢族，浙江紹興山陰縣人，原籍浙江諸暨。革命家、教育家、政治家。
