1、莖的結構不同：木本植物的莖部含有大量的木質，比較堅硬；草本植物的莖部為“草質莖”，比較柔軟，這是草本植物和木本植物的本質區別；
2、生長週期不同：木本植物為多年生植物，草本植物則分為一年生、二年生和多年生；
3、形態不同：木本植物比草本植物高大直立，其中喬木主幹明顯，分枝部位比較高，灌木主幹不明顯，分枝靠近莖的基部，半灌木莖的基部木質化，而上部為草質，冬季枯萎；
4、生長習性不同：隨著地理緯度及栽培習慣的改變，草本植物中一年生、二年生和多年生的習性會發生變化，如小麥和大麥在秋播時為二年生草本，在春播時則成為一年生草本；又如棉花及蓖麻在江浙一帶為一年生草本，而在低緯度的南方可長成多年生草本。
