《神奇寶貝》甲賀忍蛙在第七集中進化的，忍者村發生了叛亂，小智一夥人隨之被捲入其中，叛忍的頭目景友想要抓住忍者村的頭領半藏，逼他讓位。
忍者村為了奪回首領，展開了戰鬥，小智為了好友三平決定加入這支戰鬥隊伍。
在前進的路上，他們遇到了強敵兵太夫，兵太夫使用的劈斬司令曾經打敗過小智的呱頭蛙和皮卡丘，小智不想自己連續輸在兵太夫手中兩次，於是使用了呱頭蛙、皮卡丘和三平的甲賀忍蛙三隻神奇寶貝一起攻擊劈斬司令。
但是還是打不過對方，皮卡丘受到的傷害最多，很快倒地不起，非常可憐。
劈斬司令並不就此停手，兵太夫也看出了皮卡丘的潛力，讓劈斬司令乘勝追擊，對皮卡丘進行殘忍的攻擊。三平的甲賀忍蛙已沒有戰鬥力，就躺在皮卡丘身邊，為了保護同伴，它吃力地爬起來，用手刀擋住了劈斬司令的影子鉤。
在這個時候，進化之光來了，呱頭蛙完成了最終進化，成了忍者賀蛙。
