尼康D90的對焦模式有四種，分別用於不同的拍攝環境。
1、單點對焦模式是與以往早先的膠片自動對焦單反類似，就是按照確定的對焦點進行自動對焦，半按快門時鎖定對焦，這時可以移動相機重新構圖，構圖完成後，按下快門，這時焦點依然落在先前的對焦點上。這個模式對於拍攝靜物、風景還是較合適。
2、11點對焦這個模式與單點對焦模式的區別，在於單點是啟動一點進行對焦，而本模式是啟動了11點進行對焦。“啟動了11點進行對焦”，並不是指11點同時對焦，而是說通過自動跟蹤物體，自動選擇11點中的一個點進行對焦。
3、動態區域對焦這個模式專門是針對移動物體進行快速對焦的，動態區域不大，所以在追蹤移動物體的範圍不如11點對焦廣，但是對焦速度和準確度更高。
4、自動區域對焦，此模式用於人像或與背景區分較大的主體形象的拍攝，相機可以自動識別對焦主體。
