肇慶市下轄3個市轄區（端州區、鼎湖區、高要區）、4個縣（廣寧縣、懷集縣、封開縣、德慶縣），代管1個縣級市（四會市）。設91個鎮、16個街道、1個民族鄉、1255個行政村和296個社群。另設肇慶國家高新技術產業開發區（市政府派出機構，駐大旺區，享有地市一級的經濟管理權和行政審批權）。
肇慶市地勢西北高，東部和南部較低，由西北向東南傾斜。以中低山丘陵為主，平原較少，形成山地、盆地、丘陵、沖積平原等形態相間分佈的山區地貌，山地和丘陵主要分佈在北部的懷集、東北部的廣寧和西部的封開與德慶等縣。河谷平原分佈在東南部的四會、高要、鼎湖、端州等市（區）。全市土地總面積1.49萬平方公里，中低山丘陵約佔全市土地面積的81%，平原和河川水域佔總面積的19%。
