遊戲中登場的角色均來自原著《火影忍者》漫畫中的人物，在該遊戲中一共可操作角色87名。與前作《火影忍者：究極忍者風暴2》相比增加了14名新的角色：
尾獸玉模式金身鳴人、永恆萬花筒寫輪眼佐助、宇智波斑、穢土轉生漩渦長門、山椒魚半藏、二尾由木人、三尾矢倉、四尾老紫、五尾漢、六尾羽高、七尾芙、輪迴眼宇智波帶土、三船以及達魯伊。
遊戲中每名角色都有各自的攻擊手段、覺醒、奧義和聯合奧義，玩家可操作不同的角色進行對戰，其中故事模式的角色是固定的，而對戰模式則可以任意選擇。
擴充套件資料：
火影忍者究極風暴3的場景地圖：
玩家在選擇角色後可以進行一次場景選擇，場景地圖可以任意選擇，沒有限制。在某些場景地圖中，玩家可以對場景進行一些破壞，部分場景存在深淵地形，掉下深淵的話，會受到傷害。
遊戲中的場景地圖均來自原著《火影忍者》漫畫和動畫中的場景，如木葉村、雲隱村、霧隱村還有一些荒涼的野外場景。
