微控制器程式設計的語言既可以用C，也可以用匯編。用匯編的優勢主要是程式可以被程式設計者優化，而不是由編譯器優化，這樣就可以絕對可控，程式的安全性和執行速度受程式設計者水平限制，不過總的執行速度較C語言快，程式碼佔程式儲存器的容量較C語言小。這樣，彙編程式更適合程式儲存器和資料儲存器較小的老式微控制器。但是，彙編程式畢竟是機器語言的彙編助記符，所以存在指令難記，指令功能弱的缺點，造成學習困難。
C語言的優勢與缺點正好與彙編相反。C語言畢竟是一種高階語言，具有較好的學習性，幾乎不必記憶指令，學習容易，而且編譯時的優化由編譯器管理，一般不受程式設計者水平限制。由於機器優化的侷限性，C語言總的執行速度較組合語言慢，程式碼佔程式儲存器的容量較組合語言大。這樣，C程式更適合程式儲存器和資料儲存器較大的新式微控制器。
建議初學者先使用C語言快速入門，然後再研究組合語言，優化程式設計。
