安室透並沒有確定柯南的身份，他只是從各種事件中懷疑柯南，認為他並不是普通的小孩子，對他有很大的疑心，而且暗中還保護保護柯南。不過在緋色系列的片尾處，柯南對他說“你在說謊”，安室透回答道“你也沒資格來說我啊”，安室透這句話可能是個暗示，這一點是作者的一個伏筆。
安室透第一次懷疑柯南，是在網球事件中，那時候柯南還不知道安室透是公安派去的臥底，本來想用麻醉針射中毛利小五郎，無奈安室透出現在自己面前，柯南只能給出各種提示，才解開了密室的謎團。
第二次是在“又甜又冷的宅急便”中，少年偵探團遇難，柯南發出了紙條求救訊號，上面寫著“corpse”屍體，安室透首先想到的就是柯南，隨後找到了少年偵探團並救下他們，元太這邊邀請他去衝矢昴家裡吃蛋糕，安室透看了一眼窗戶後，決定不去了，此時窗簾後面的秀一正在偷偷觀察著。
兩人真正交流是在“緋色”篇章中，柯南識破了安室透是公安的身份，隨後和他交流，這時候安室透也是瞭解到柯南並不是一般人，他身上一定有很多祕密。
