一碼通賬戶和證券賬戶的區別是：投資者的一碼通賬戶，將投資者的不同的證券賬戶統一關聯到一碼通賬戶下，即一碼通賬戶是記載投資者證券持有及變動總體情況的賬戶，現有證券賬戶是記載投資者參與單個交易場所及投資特定交易品種的具體的證券子賬戶。
其中證券子賬戶包括A股賬戶、B股賬戶、衍生品合約賬戶、封閉式基金賬戶以及中國結算根據業務需要設立的其它證券賬戶。
投資者可以有多個一碼通賬戶。同一投資者多個一碼通賬戶與不同證券公司建立委託交易關係的，投資者可以選擇證券子賬戶全轉掛至一個一碼通賬戶，並登出其它一碼通賬戶；同時，同一投資者多個一碼通賬戶均與同一證券公司建立委託交易關係的，也可以選擇將證券子賬戶全轉掛至一個一碼通賬戶，並登出其它一碼通賬戶。
