在上世紀60年代，哈爾濱工業大學開設了計算數學專業。1985年，在原有的計算數學專業與力學專業的基礎上，組建了數學力學系，1987年正式建立了數學系。1977年開始招收數學師資班學員。1998年，根據教育部統一部署，哈工大數學系設定數學與應用數學、資訊與計算科學兩個本科專業。
數學系擁有1個數學博士後科研流動站，1個基礎數學博士點，1個碩士學位數學一級學科授權點，2個黑龍江省重點本科專業。哈工大數學系是七個“全國工科數學課程教學基地”之一。
經過數學系全體教師的不懈的努力和不斷的探索，使得整體教學水平和教學效果有了大幅度提高，已形成了群體優勢。數學系現有一支以中青年教師為主、結構合理的學術隊伍，在職教師71人，其中教授28名，副教授25名,博士生導師20名，國家教學名師1人，省級教學名師2人次，省傑出青年基金1人，4人榮獲寶鋼優秀教師獎，有7人為哈爾濱工業大學教學帶頭人。
