四衝程和二衝程的區別在於，四衝程發動機曲軸每旋轉兩週，經歷進氣、壓縮、做功、排氣四個衝程完成一個工作迴圈，二衝程發動機只需要曲軸轉動一週、經歷兩個衝程即可完成一個工作迴圈。
從結構上來看，二衝程發動機的結構相對比較簡單，主要由氣缸蓋、氣缸、活塞、活塞環等零件組成，在缸體上開有進氣孔、排氣孔和換氣孔；氣孔的開啟和關閉由活塞的位置決定。與四衝程發動機相比，沒有複雜的配氣機構和潤滑系統，冷卻系統一般都採用風冷，結構上大為簡化。
從效能上來看，當曲軸轉速相同時，二衝程發動機單位時間的作功次數是四衝程發動機的兩倍。理論上二衝程發動機的功率應是四衝程發動機的兩倍（但實際上只有1、5~1、7倍），發動機的升功率更高，動力性更好，發動機的振動也比較小。另外二衝程發動機重量比較輕，製造成本低廉，故障率也更低，維修也比較方便，使用起來更方便靈活。
綜合來看，四衝程發動機應用的更加廣泛，絕大多數的汽車和工程機械上搭載的都是四衝程發動機，而二衝程發動機更多的應用在那些不常使用和“推重比”很重要的場合。比如說剪草機、油鋸、航模、農作機械等，一些小型摩托車和比較講究動力效能的越野摩托上使用的也比較廣泛。還有就是坦克、船舶、重型運輸車輛等，這些車型對發動機的動力性要求高，又要求發動機的重量輕、體積小，二衝程發動機就是很好的選擇。
