花唄預設開通自動還款功能，而系統在還款日當天從使用者的支付寶賬戶餘額、繫結的銀行卡快捷、餘額寶裡（此為預設扣款順序，客戶也可自行設定扣款順序，比如講繫結銀行卡快捷放在最前面）進行批扣時，一般都是預設將賬單還款總額對應的資金給全部扣除的，並不是只扣賬單最低還款額。
當然，客戶可以去申請開啟花唄自動最低還款，等開啟之後，系統在還款日當天進行批扣時，就會自動計算當月應還的最低還款額來進行扣除。而該期賬單剩餘未還款額就會計入下期賬單的最低還款額當中，等下期賬單的還款日再由系統自動批扣相應金額進行還款。
而花唄賬單的最低還款額一般包括10%交易本金、100%未結清分期交易單期款項，以及100%費用（含手續費）、100%逾期歷史賬單剩餘未還款額和100%利息（含罰息）。