新車上牌照後，合格證原件放在車管所。新車上牌照後，會發給機動車駕駛人行駛證，合格證原件會放在車管所，新車落戶車管所留存的材料包括：購車發票第4聯、購置稅副本、交強險副本、身份證影印件、合格證原件；這些作為機動車的車輛檔案會放在車管所儲存。
法律依據：
《道路交通安全法實施條例》第五條
初次申領機動車號牌、行駛證的，應當向機動車所有人住所地的公安機關交通管理部門申請註冊登記。申請機動車註冊登記，應當交驗機動車，並提交以下證明、憑證：
(一)機動車所有人的身份證明；
(二)購車發票等機動車來歷證明；
(三)機動車整車出廠合格證明或者進口機動車進口憑證；
(四)車輛購置稅完稅證明或者免稅憑證；
(五)機動車第三者責任強制保險憑證；
(六)法律、行政法規規定應當在機動車註冊登記時提交的其他證明、憑證。不屬於國務院機動車產品主管部門規定免予安全技術檢驗的車型的，還應當提供機動車安全技術檢驗合格證明。