公積金貸款每月還款可以從公積金賬戶扣除，但是也可從銀行的儲蓄賬戶中扣款。借款人需在每月20日前按照貸款還款計劃表上的本息金額將款項存入己開立的活期存摺（信用卡）中，20日晚由代辦銀行予以扣收，未及時存款或存款餘額不足的從21日開始按罰息利率計算並收取滯納金。
根據貸款銀行與借款人簽訂的《借款合同》約定，借款人應在貸款發放後的次月按月還款，具體方式有兩種，由借款人自行選擇：一種是每月1到20日到貸款銀行用現金償還貸款本息；另一種是委託貸款銀行代扣償還。借款人與貸款銀行簽訂《代扣還款協議書》，並辦理個人還款儲蓄卡。借款人可以一次預存多個月份的還款金額，或在每月20日以前就近在銀行儲蓄所存入足額的還款金額，由銀行直接從借款人儲蓄帳戶中扣劃應還貸款本息。在辦理了公積金貸款後，如果沒有按時還款造成逾期，會嚴重影響個人的徵信和信譽。購房人應該在還款日之前，就把自己的資金提前存入賬戶，不要等到還款當日再存錢。
