口腔潰瘍目前病因不明，存在明顯的個體差異。
1、消化系統疾病及功能紊亂
患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統而致病。口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、侷限性腸炎、肝炎等有關。其
2、內分泌變化
有些女性患者往往在月經期發生，可能與體內雌激素量下降有關。月經期出現口腔潰瘍主要是由於體內黃體酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所致。
3、精神因素
有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病，可能與植物神經功能失調有關。
4、遺傳因素
如父母雙方均患有複發性口腔潰瘍時，其子女約有80—90%患病，若雙親之一患此病時，其子女約有50—60%患病。
