在入侵雨隱村篇中，自來也和佩恩六道決戰，他使出渾身解數，及召來兩位蛤蟆仙人（深作及其妻志摩）相助，可是佩恩“六道”人數眾多，加上自來也太過大意導致左手被斬斷，在千均一發之際躲入蛤蟆胃裡，併成功以螺旋丸擊敗畜生道。此時他其實有能力逃離戰場以保性命，但他為查出佩恩六道的真正身份，不惜再次現身於六道面前，而這次亦真的賠上了性命。臨終前他回憶起跟波風水門及漩渦玖辛奈的對話，及從自己著作－堅毅忍傳（ド根性忍伝）中主角名字為他們的兒子取名字為鳴人；又回憶起自己一生失敗之事，並領悟出鳴人才是預言中的“命運之子”，因鳴人也正有那種絕不輕易放棄的毅力。他要求深作把最後的遺言（佩恩沒有真身）帶回木葉隱村，佩恩“六道”向自來也撲去，自來也被擊沉於水中，而仙人深作則成功逃回木葉。直到大結局也沒有被複活。
