經教育部批准，目前擁有研究生院的南京高校只有如下6所：南京大學（985 211 綜合類）、東南大學（985 211 綜合類）、南京理工大學（國防985 211 工科類）、南京航空航天大學（國防985 211 工科類）、河海大學（211 工科類）、南京農業大學（211 農業類）。而南京財經大學（財經類）雖然沒有研究生院也不是211工程院校，但是在經濟學方面較突出。一般情況下，以上七所學校在經濟學上若分三檔，則第一檔高校：南京大學；第二檔高校：東南大學、南京財經大學、南京理工大學、南京航天航空大學；第三檔高校：南京農業大學、河海大學。由於各大學的強勢專業不同，其根據不同專業的大學排名也有所不同。
