1、會計核算的基礎不同：
事業單位會計根據單位實際情況，分別採用收付實現制和權責發生製為會計核算基礎，企業會計均以權責發生製為會計核算基礎；
2、會計要素構成不同：
事業單位會計要素分為五大類：即資產、負債、淨資產、收入和支出；
企業會計要素分為六大類：即資產、負債、所有者權益、收入、費用和利潤，即使相同名稱的會計要素，其內容在預算會計與企業會計上也存在較大差異；
3、會計平衡原理不同：
事業單位會計的會計等式為：資產等於負債加淨資產；
企業會計的會計等式為：資產等於負債加所有者權益；
4、會計核算內容及方法有其特殊性。
