1、重點區別在於“能否抵扣增值稅銷項稅”方面：企業採購貨貨物收到供應方的“增值稅普通發票”，其支付款中所含的“進項稅”記入貨物成本，不能抵扣企業因銷售等業務活動產生的增值稅銷項稅，實現不了增值稅的流轉；企業採購貨貨物收到供應方的“增值稅專用發票”其進項稅，可以在規定範圍內抵扣企業銷售等業務活動產生的銷項稅，從而實現增值稅的流轉。
2．發票使用的主體不同：增值稅專用發票一般只能由增值稅一般納稅人領購使用，小規模納稅人需要使用的，只能經稅務機關批准後由當地的稅務機關代開；普通發票則可以由從事經營活動並辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購使用普通發票。
3．發票的內容不同：增值稅專用發票除了具備購買單位、銷售單位、商品或者服務的名稱、商品或者勞務的數量和計量單位、單價和價款、開票單位、收款人、開票日期等普通發票所具備的內容外，還包括納稅人稅務登記號、不含增值稅金額、適用稅率、應納增值稅額等內容。
