1、定義性不同：中國科學技術大學，簡稱中國科大，由中國科學院直屬，中央直管副部級建制；中國科學院為中國自然科學最高學術機構、科學技術最高諮詢機構、自然科學與高技術綜合研究發展中心。
2、主要方向不同：中科大為一所以前沿科學和高新技術為主、兼有特色管理和人文學科的綜合性全國重點大學；中科院負責對國家科學技術發展規劃、計劃和重大科學技術決策提供諮詢。
3、發展情況不同：中科大利用中國科學院自身優勢，創辦一所培養新興、邊緣、交叉學科尖端技術科技人才的新型大學；中國科學院成立為政務院下設單位，行使管理全國科學研究事業的政府行政職能。
