哈工大交通工程學院設有道路與軌道工程系、橋樑與隧道工程系、道路材料工程系、交通工程系、交通訊息與控制工程系和測量教研中心。擁有交通運輸工程和土木工程（橋樑與隧道工程）2個一級學科；擁有交通運輸工程一級學科博士後流動站、博士、工學碩士、工程碩士學位授權點、橋樑與隧道工程二級學科博士、碩士學位授權點；擁有道路橋樑與渡河工程、交通工程、交通訊息與控制工程等3個本科專業。其中，橋樑與隧道工程學科是國家和建設部重點學科，道路與鐵道工程學科是建設部和黑龍江省重點學科，交通運輸規劃與管理學科是建設部重點學科，道路橋樑與渡河工程本科專業是黑龍江省重點專業。
