浙江大學醫學院的前身是由1912年中國人自己創辦的浙江醫學專門學校和1945年8月創設的國立浙江大學醫學院兩所學校合併而成的浙江醫學院，1960年4月改名為浙江醫科大學。1998年，與浙江大學、杭州大學、浙江農業大學合併成立新的浙江大學，並於次年重組成立了浙江大學醫學院和藥學院。2009年浙江大學實行大部制，將醫學院和藥學院重組，成立浙江大學醫學部。2014年浙江大學實施學部制優化改革，醫學部更名為醫藥學部，醫學院和藥學院獨立建院。
截至2013年12月底，醫學院設有醫學資訊學課程組、細胞生物學課程組、病理學課程組、遺傳學課程組、病原生物學課程組、生物化學課程組、分子生物學課程組、教改課程組、生理學課程組、藥理學課程組、免疫學課程組、病理生理學課程組、神經科學課程組、解剖學課程組、組胚學課程組等15個課程組。
