1、外觀：5S和SE外觀幾乎一樣，但仔細看就發現iPhoneSE背面的iPhone標識下面多了個SE標誌，還多了玫瑰金配色，這都是5S所沒有的。
2、效能：iPhone5S搭載A7處理器，1560mAh電池，1GB執行記憶體；而iPhoneSE搭載A9處理器，1642mAh電池，2GB執行記憶體，相比之下iPhoneSE效能更好。
3、拍照：iPhone5S搭載後置800W，前置120W畫素：而iPhoneSE搭載後置1200W，前置120W畫素，拍照方面也比5S方面提升了很多，支援4K錄製，livephoto，這都是5S沒有的。
4、網路：iPhoneSE網速比iPhone5S快了不少，支援三大運營商4G網路，這也是5S所不具備的。
5、此外，SE比5S多了NFC，支援ApplePay，現在蘋果公司允許刷地鐵公交，未來ApplePay將發揮著越來越重要的作用。
