主要區別在於：GPU不同、基帶不同、效能不同。
1、GPU不同：麒麟990E 5G處理器具有和麒麟990 5G處理器相同的CPU配置和時鐘速度，但是在GPU方面不如麒麟990 5G，同時採用和麒麟990處理器相同的NPU，還配備5G調變解調器。
2、基帶不同：麒麟990 5G處理器內建巴龍5000 5G基帶，支援上行速率1.25Gbps和下行速率2.3Gbps，享受到雙卡5G帶來的樂趣，但是僅支援國內三大執行商中的兩個的2G/3G/4G/5G頻段。麒麟990則不支援5g。
3、效能不同：麒麟990e5g調變解調器也進行了升級，以支援更多的網路頻率，這是麒麟9905g處理器所沒有的。對於大多數使用者來說，麒麟990e 5g處理器的整體效能已經足夠好。
