動漫名偵探柯南故事情節將的是高中學生探案工藤新一被蒙面人團伙犯罪餵了藥液變為小朋友，以便隱藏身份再次查證蒙面人更名為偵探柯南，偵探柯南寄居在探案毛利小五郎加劇，暗中幫助毛利率調研各種案子，另外調研蒙面人的本來面目。
動漫名偵探柯南是日本籍漫畫作者青山剛昌寫作的動漫漫畫，在1994年剛開始更新連載於《專刊青少年Sunday》上的推理漫畫，之後改為了長篇小說動漫，動漫在1996年開播。動漫漫畫敘述了主人翁江戶川柯南以先天性的邏輯推理工作能力抵抗神祕組織，並與隊友一塊兒處理成千上萬案子的經典故事。
經典故事的主人翁是江戶川柯南，到底是誰為高中學生探案工藤新一，因為被黑衣組織的組員灌下慢性毒藥APTX4869而造成人體縮小，以後化姓為江戶川柯南，以便調研黑衣組織而寄居在毛利率偵探事務所。就讀帝丹國小生B班，是少年偵探團組員。
高中學生探案工藤新一，被稱作日本警察的救世主，平成時代的柯南道爾。一回在與兩小無猜的女朋友毛利蘭去兒童遊樂園去玩時，發覺2個攻堅怪異的蒙面人。新一追蹤她們直至買賣當場，另外蒙麵人趁其不留意從後面進入將他一棒打倒，並灌下這種名叫APTX4869的神密慢性毒藥妄圖殺他殺人滅口，但由於負作用他的人體竟返回青春期發育的兒童情況。充分考慮如果蒙面人瞭解他還活著得話，終將使周邊的親戚朋友受到牽連，因此新一化姓為江戶川柯南，寄居在毛利蘭的家裡，想依靠其爸爸，出任探案的毛利小五郎的能量來尋找蒙面人。
