百戶和總旗的區別有官職大小不同、設立機構不同、管理人員數量不同等。
1、官職大小不同。百戶大，總旗小，百戶為正六品官職，總旗為正七品官職。
2、設立機構不同：百戶之下，設牌子頭，有時設“五十戶”之職；明代軍隊編制五十人為總旗，十人為小旗。
3、管理人員數量不同：百戶統兵120人，旗各50人，10人為小旗。
百戶：官名，金初設定，為世襲軍職。元代相沿，設百戶為百夫之長，隸屬於千戶，而千戶又隸屬於萬戶，為世襲軍職，受萬戶管轄。駐守各地者，設百戶所，分隸於各千戶所。百戶所有兩等，上所設蒙、漢百戶各1員，俱作從六品銀牌。下所設百戶1員，從七品銀牌。
明代衛所兵制亦設百戶所，為世襲軍職，百戶統兵120人，正六品。試百戶為（從六品）。百戶所分為2總旗，總旗（正七品）、旗各50人；10小旗，小旗（從七品），旗各10人，隸屬千戶所。百戶為百戶所的長官。如明黃道周《節寰袁公傳》：公（袁可立）先鳳陽人，始祖榮以開國功為睢陽百戶，因家焉。
