二類保護鳥有57科，302種。如海鸕鶿、巖鷺、海南虎斑鳽、小葦鳽、彩鸛等。
1、海鸕鶿：棲息於海岸、河口地帶。主要以魚、蝦為食，兼食少量的海藻、海帶、海紫菜等。
2、巖鷺：棲息於海邊，一般單獨或整合小群活動。主要以魚類、蝦、蟹、甲殼類、昆蟲和軟體動物等動物性食物為食。
3、海南虎斑鳽：主要棲息於亞熱帶高山密林中的山溝河谷和其他有水域的地方。夜行性，白天多隱藏在密林中，早晚活動和覓食。
4、小葦鳽：棲息於平原和低山丘陵富有蘆葦、蒲草、灌叢等植物的湖泊、水塘、池沼、水渠岸邊，也棲息於樹林中流速緩慢的河流與溪邊。
5、彩鸛：主要棲息於湖泊、河流、水塘等淡水水域岸邊淺水處及其附近沼澤和草地上。
其他二級保護鳥類：
白䴉、白琵鷺、黑臉琵鷺、紅胸黑雁、白額雁、天鵝（所有種） 、隼科（所有種） 、鷹科（除一類外其它鷹類）、黑琴雞、柳雷鳥、巖雷鳥、雪雞、血雉、紅腹角雉、藏馬雞、藍馬雞、原雞、勺雞、白冠長尾雉、錦雞（所有種） 、灰鶴、蓑羽鶴、長腳秧雞、姬田雞、棕背田雞、花田雞、小青腳鷸、灰燕鴴、小鷗、黑浮鷗、黃嘴河燕鷗、黑腹沙雞、綠鳩（所有種） 、黑頦果鳩、皇鳩（所有種） 、斑尾林鴿、鴉鵑（所有種） 、鴞形目（所有種）、灰喉針尾雨燕、鳳頭雨燕、橙胸咬鵑、黑胸蜂虎、綠喉蜂虎、犀鳥科、白腹黑啄木鳥、闊嘴鳥、鶴嘴翠鳥、鸚鵡科（所有種）、小杓鷸、白枕鶴、花尾榛雞、黃嘴白鷺、彩䴉、白鷳、黑頸鸕鶿、八色鶇科（所有種） 、黑䴉、藍耳翠鳥、鵑鳩（所有種） 、黑嘴端鳳頭燕鷗、銅翅水雉、沙丘鶴、黑鷳、鐮翅雞、鴛鴦、蛇雕等。
