昆蟲不育技術定向非常精確，是最不會傷及無辜的害蟲防治手段的，而且這類技術使用起來侷限較大。
首先，由於要大規模釋放雄性，所以只能對雄性不造成經濟損失的昆蟲下手，這個技術主要侷限在螺旋蠅，果蠅，蚊子等少數昆蟲上。其次，技術和成本要求高，然後效果難以預測，螺旋蠅是個成功案例，但還有很多情況是放出的雄性吸引不到雌性，投入的致死個體被大量野生種群淹沒，或者是引入的有害基因很快被基因庫掃地出門。
如果一定想要用這個技術造成生態問題，那也是有可能的，比如對白蟻進行不育釋放，白蟻雖然對建築有害但是是非常重要的森林益蟲，這也是為什麼沒有科學家會考慮用這個技術防治白蟻。
