1、外觀不同：馬蜂窩呈現不規則的球形，直徑從十幾釐米到幾十釐米不等，蜂窩形狀似倒置的寶塔，大小是幾層到十幾層不等。蜜蜂窩是垂直於地面的餅狀上面有許多六邊形的小格。
2、蜂巢材質不同：馬蜂窩的蜂巢為紙質巢。蜜蜂窩的巢則為蠟質巢。
3、結構不同：馬蜂窩的結構根據蜂種不同差異非常大，小型馬蜂的巢結構比較簡單，大型馬蜂的巢為多層結構，外部有巢殼包裹，巢門開在下部。蜜蜂窩由數張呈片狀並與地面垂直的構成，巢脾數量因蜂種和群勢而異，例如群勢較強的中蜂一般有7～8張，但每張巢脾之間有一定的距離，從而構成了看似分散但有緊密聯絡的蜂巢。
