鳥類的起源有三種不同的假說。
一種認為鳥類起源於爬行動物中的小型恐龍。最早明確提出這一論點的是1868年英國古生物學家赫胥黎，他認為始祖鳥的大小、全身骨骼和與它共生的美頜龍很相似，但由於證據不多，加上許多學者認為這種骨骼相似也可能是“趨同進化”的結果，故未得到公認。
另一種假說認為鳥類起源於爬行動物中的槽齒類。這是1913年南非的布羅姆在研究一假鱷類化石時提出的。這一假說得到很多人的支援，甚至許多教科書都引用這一論點。美國著名的鳥類專家費杜西亞20世紀80年代先後發表了《鳥類時代》和《鳥類的起源和演化》，成為反對鳥類起源於恐龍的主要代表人物。
第三種假說認為鳥類起源於爬行動物中的鱷類，1972年英國古生物學家瓦爾克提出鳥類和鱷類可以組成一個單獨的系列群。儘管瓦爾克在1985年放棄這一假說，但美國著名的古鳥類學家馬丁還是支援這一假說等。
