哈爾濱工程大學自動化學院具有深厚的歷史底蘊，是在原“哈軍工”時期海軍工程系的“海道測量”、“船舶電器自動化”、“武備自動化”和“導彈發射裝置”4個專業的基礎上發展起來的，從1953年“哈軍工”時期海軍工程系的海道測量與領航裝置教研室和艦船電氣裝置教研室到1970年的自動控制系，再到1998年由原自動控制系、航天工程系導彈控制專業和系統工程研究室組建成立自動化學院。
培養具有堅實理論基礎和科學研究能力，具有自動化工程及相關學科領域的基本知識和基本技能，能運用所掌握的理論知識和技能，從事國民經濟、國防和科研部門的運動控制、工業過程控制、檢測與自動化儀表、電力電子技術、電子與計算機技術、資訊處理、管理與決策、現代整合製造等領域工作的高階工程技術人才。
