重慶醫保一檔二檔主要區別在於兩點，一是有無個人賬戶，二是特病報銷病種不同。
一、有無個人賬戶
一檔參保人員繳納的醫療保險費，全部用於建立醫療保險統籌基金，不建立個人賬戶；二檔參保人員繳納的醫療保險費，部分用於建立醫療保險統籌基金，建立個人賬戶，個人賬戶資金以本人繳費基數為基數，按以下比例劃入：
1、不滿35週歲的人員，劃入比例為3.3%；
2、滿35週歲至不滿45週歲的人員，劃入比例為3.5%；
3、滿45週歲至未退休的人員，劃入比例為3.7%；
4、退休人員繳費期內劃入比例為4%，繳費期滿後劃入比例為上年度本市城鎮經濟單位職工年平均工資的60%的4%。
二、診病範圍不同
二檔比一檔的門診特病範圍廣，一檔僅只能享受4種特病待遇，如惡性腫瘤放療、化療、鎮痛治療；腎功能衰竭病人的透析治療；腎移植後抗排異治療；血友病等。二檔卻可以享受20種特病待遇。
