農村合作醫療保險可以跨市報銷，但只有住院才能報銷，去門診是不能報銷的。
凡在縣外打工、暫住人員住院（含轉院）的，應先報告戶口所在地中心衛生院或由指定的衛生院（所）備案（急診病人可在入院後72小時內報告），返鄉後（一年內）持相關資料辦理補償。需要的材料：出院帶診斷證明、費用清單、住院結算單、病歷影印件、身份證、合作醫療。
辦理流程：
1、帶患者身份證、兩張一寸彩色照片、新農合醫療證到縣合管辦辦理轉診備案手續。
2、攜帶患者身份證、新農合醫療證和轉診備案手續到轉診醫院就醫，辦理新農合住院手續。
3、出院後，憑患者本人身份證(或戶口本)、新農合醫療證、病歷影印件、住院結算單(有的是發票形式的)、住院費用清單、轉診備案手續到合管辦報銷。
