社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。因此異地生孩子農村合作醫療是需要按照以下方式進行報銷的：1、在辦理出院時，需要讓醫院把所有報銷的材料出具給病人；2、報銷人需要拿著醫院出具的相關材料，去當地的社會保險經辦機構申請異地報銷；3、社會保險經辦機構會對材料進行審查；4、認為符合報銷情形的，給予報銷。
法律依據：《中華人民共和國社會保險法》第二十九條參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。
