月薪40000扣除個人所得稅演算法如下：
1、應納稅所得額=工資收入金額－各項社會保險費－起徵點(5000元)
2、應納稅所得額=40000-0-5000=35000
3、應納稅額=應納稅所得額x稅率－速算扣除數
4、應納稅額=35000x25%-2660=6090
【法律依據】
《個稅法》第九條規定，個人所得稅以所得人為納稅人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。納稅人有中國公民身份號碼的，以中國公民身份號碼為納稅人識別號；納稅人沒有中國公民身份號碼的，由稅務機關賦予其納稅人識別號。扣繳義務人扣繳稅款時，納稅人應當向扣繳義務人提供納稅人識別號。
