工程款稅率按以下標準繳納：
1、營業稅：按工程結算款計算繳納營業稅，稅率3%。
2、個人所得稅：按工程結算款計算繳納個人所得稅，稅率1%
3、城建稅：按營業稅計算繳納城建稅，城建稅稅率：納稅人所在地在市區的，稅率為7%;納稅人所在地在縣城、鎮的，稅率為5%;納稅人所在地不在市區、縣城、鎮的，稅率為1%。
4、教育費附加：按營業稅計算繳納，稅率3%。
5、印花稅：按建築安裝工程承包合同金額的0.3‰計算繳納。
【法律依據】：
《建築安裝業個人所得稅徵收管理暫行辦法》第十三條，對扣繳義務人按照所扣繳的稅款，付給2%的手續費。
《建築安裝業個人所得稅徵收管理暫行辦法》第十四條，建築安裝業單位所在地稅務機關和工程作業所在地稅務機關雙方可以協商有關個人所得稅代扣代繳和徵收的具體操作辦法，都有權對建築安裝業單位和個人依法進行稅收檢查，並有權依法處理其違反稅收規定的行為。但一方已經處理的，另一方不得重複處理。
