阿里巴巴最大的股東是孫正義，孫正義是阿里巴巴的重要股東，他開辦的SoftBank日本軟銀公司為阿里巴巴投入巨資，截至2017年6月9日，日本軟銀持有阿里巴巴29.2%的股份，雅虎持有阿里巴巴15%的股份，馬雲持有阿里巴巴7%的股份。另外，阿里巴巴其他管理層成員也有所持股。也就是說阿里巴巴的第一大股東是日本的軟銀，第二大股東是美國的雅虎。
日本軟銀投資阿里巴巴也是為馬雲解決了很大的難題，可以說，當年要是沒有日本軟銀的投資，很有可能沒有今日的阿里巴巴。在2000年的時候，網際網路泡沫破裂，馬雲到處找不到投資，他到了北京，見了幾十個投資人，其中就包括了雷軍，最後沒有一個是成功的。而後遇到日本軟銀孫正義，日本的軟銀一家即拿出2000萬；第三輪投資中，軟銀再砸下6000萬美元。
