對於作廢電子發票，應將作廢發票程式碼、號碼等內容記錄在紙質發票上，開票期後三個月內攜帶作廢發票原件，向主管地方稅務機關辦理作廢電子發票驗銷。逾期未驗銷作廢電子發票，不能繼續線上開票。
若遺失已開具發票（未交付款方），應立即在開票系統作廢該電子發票，以書面形式報告向主管地方稅務機關提交掛失報告並填寫《遺失宣告作廢刊出登記表》，經稅務機關審批後到具有全國報刊號的報紙上公告宣告作廢。主管地方稅務機關在大集中系統“作廢電子發票驗銷”模組錄入遺失發票印刷流水號，選擇“遺失作廢”，按發票管理有關規定進行發票違章處罰。如納稅人非開票當月遺失已開具發票，應立即辦理掛失，按開具紅字發票手續處理，備查資料中以遺失宣告代替紅字發票原件，主管地方稅務機關應按發票管理有關規定進行發票違章處罰。
