兩大核算體系的區別主要有：
1、核算範圍不同：MPS以物質產品生產為核算範圍，把服務活動排除在生產領域以外，影響了對國民經濟總量核算的完整性。SNA把國民經濟各部門的經濟活動全部納入核算範圍，使社會生產、分配、使用各環節緊密銜接，從而形成全面、完整、系統的國民經濟核算體系。
2、核算內容不同：MPS實質上是一種實物核算體系，主要描述社會再生產實物運動，對資金運動缺乏完整而系統的反映。SNH增加了資金流量和存量方面的核算內容，並與其他核算相聯結，全面巨映國民經濟的執行過程。
3、核算方法不同：MPS採用橫向或縱向平衡法，並設定一系列平衡表，比較簡便和直觀，但平衡表之間缺乏有機聯絡，整個結構不夠嚴密。SNA採用複式記帳法，運用帳戶、矩陣等核算形式，把經濟流量和經濟存量聯絡起來，組成結構嚴謹、邏輯嚴密的體系。
