永樂十九年，明成祖遷都北京，將應天府改為南京。 1645年，南京降為江寧。清初時為江南省省府，以後直到清末一直是兩江總督駐地。1853年到1864年，太平天國也定都於此，號天京。 1927年中華民國奠都南京，同年置南京特別市。1929年6月1日置首都特別市。1930年更改為院轄市。1931年，根據民國二十年六月一日公佈的《中華民國訓政時期約法》第五條，中華民國國都定於南京。1937年12月，中華民國首都南京淪陷，國民政府西遷重慶；1946年，中華民國國民政府還都南京。1949年4月21日，中國共產黨軍隊攻陷南京，國民政府南遷廣州，旋遷臺北。不過，根據中華民國的相關法律，南京市至今仍為中華民國之首都。 1949年10月1日中華人民共和國成立，南京成為中央直轄市，1950年1月改由新成立的華東軍政委員會領導，仍為中央直轄市，同時政務院設有駐寧辦事處。
