《尋秦記》的結局是項少龍沒有回到現代，而是留在了古代。
在01版由古天樂主演的《尋秦記》中，最後的結局是十年後項少龍在塞外，已經娶了烏芳跟琴清。烏芳給項少龍生了個孩子取名項小龍，琴清也懷孕了。最後一幕是項小龍指著天上的飛鷹說自己要改名叫項羽，覺得項小龍這名不夠霸氣，項少龍知道歷史裡項羽的悲慘結局所以追著項小龍讓他換個名字。
而在新版由陳翔主演的《尋秦記》中，跟原著小說和古天樂版的不同，不僅嫪毐沒有出現，連烏庭芳都死了，最重要的是項少龍來到古代一點蝴蝶效應都沒產生 ，劇情程序遵循了歷史軌跡。新版卻直接把烏庭芳寫死了，最後陪項少龍歸隱的只剩下星雲，也就是琴清。
烏庭芳死後，項少龍與連晉就有藉口正式決裂，最後項少龍殺死了連晉。項少龍帶著琴清歸隱山林，生下一個孩子寶兒，後來小季季找來，說他改名叫劉邦，寶兒也說自己改叫項羽！可是，項羽不是楚國的嗎？在新版《尋秦記》中也沒有交代清楚這個問題。
