上海交通大學建築工程專業設立於1907年，是中國歷史上最早設立的土木工程專業之一。1952年全國院系調整時，全系師生併入同濟大學。1985年上海交通大學恢復建立土木建築工程系，1993年土木建築工程系開設建築學專業，並於當年開始招生。1998年建築學專業與工業設計系聯合建立設計藝術碩士點。2002年從建築工程系分出，單獨建系。2004年5月13日，上海交通大學正式批覆新合併的船舶海洋與建築工程學院成立建築學系。
2006年交大建築系首次參加並通過全國建築學專業指導委員會組織的專業評估，取得建築學學位授予權，併成為上海市建築學會常務理事單位、上海市景觀學會副理事長單位。截至2013學年，建築學系設有建築學本科專業和建築學科一級學科碩士點。
