上海海事大學交通運輸專業主要培養具有運籌學、管理學、交通運輸組織學等方面知識，能在國家及省、市交通運輸管理部門、航運、港口等交通運輸企事業單位，從事交通運輸組織、指揮決策、規劃設計、生產與經營管理的高階技術人才。此專業屬交通部重點學科，並具有博士和碩士授予權。此專業的學生將受到交通運輸技術管理、商務管理、資訊管理的基本訓練，具有運用運輸技術裝置、合理組織運輸生產以獲得最佳社會和經濟效益的基本能力，並在航運與港口管理領域具有專長。學生畢業後，主要從事國際航運與港口企業、國際物流及供應鏈企業、貨運代理公司，水運設計與科研單位，以及其他交通運輸企事業單位的設計、規劃、經營與管理工作。
專業涉及的主要課程有：運籌學、管理學原理、計量經濟學、管理決策理論與方法、港航工程與規劃、港口管理資訊系統、港口裝卸工藝、港口生產組織與管理、港口物流、港口系統模擬、船舶原理與設計、國際航運管理等。
